10+ years of Brainhack: an open, inclusive culture for neuro tool developers at all levels

Brainhacks and similar formats are increasingly recognized as a new way of providing academic training and conducting research that extends traditional settings. There is a new paper out in Neuron, by 200+ authors, describing the format and what makes it valuable to the community. This post aims to highlight some of the core themes of the paper.

Brainhacks have been held since 2012, organized by local communities, sometimes in sync with other hackathons taking place elsewhere. In 2016 the format developed into the Brainhack Global – a synchronous swarm of hybrid meetings arranged by local communities with local and virtual participants. In 2020, during the pandemic, the BG went fully virtual.

Figure 1D from https://doi.org/10.1016/j.neuron.2021.04.001

A similar growth of hackathons has occurred in communities adjacent to Brainhack. INCF started funding hackathons early because our community asked for it; and when we saw the value and inspiration hackathons brought to the community, it became a regular line item in the INCF budget. Since funding our first hackathon in 2012, we have funded or partially funded at least one hackathon each year (see our entry in Acknowledgements).

The Brainhack format is inspired by the hackathon model and centers on ad-hoc, informal collaborations for building, updating and extending community software tools developed by the participants’ peers, with the goal to have functioning software by the end of the event. Unlike many hackathons, Brainhacks welcome participants from all disciplines and with any level of experience—from those who have never written a line of code to software developers and expert neuroscientists, and also feature informal dissemination of ongoing research through unconferences. Also unlike some traditional hackathons, Brainhacks do not have competitions. Brainhacks value education; recent major Brainhack events even have a TrainTrack, a set of entirely education-focused sessions that run in parallel with regular hacking on projects.

The five defining Brainhack features: 

1) a project-oriented approach that fosters active participation and community-driven problem-solving

2) learning by doing, which enables participants to gain more intensive training, particularly in computational methods

3) training in open science and collaborative coding, which helps participants become more effective collaborators

4) focus on reproducibility, which leads to more robust scientific research; and

5) accelerated building and bridging of communities, which encourages inclusivity and seamless collaboration between researchers at different career stages

Brainhacks have increased insight in the value of tool usability and reusability and the need for long-term maintenance; shifting community culture from individuals creating tools for their own needs to a community actively contributing to an existing resource. They also help to disseminate good practices for writing code and documentation, ensuring code readability, using version control and licensing. 

Brainhacks promote awareness of reproducible practices that integrate easily into research workflows, and show the value of data sharing and open data. They introduce participants to data standards, such as BIDS, allowing them to experience the benefits of a unified data organization and provides them with the skillset to use these formats in their own research. 


Brainhacks create a scientific culture around open and standardized data, metadata, and methods, as well as detailed documentation and reporting.

The Brainhack community are currently also working to collate Brainhack-related insights and expertise into a Jupyter Book  that will serve as a centralized set of resources for the community.

LINKS

Brainhack: Developing a culture of open, inclusive, community-driven neuroscience

https://doi.org/10.1016/j.neuron.2021.04.001

Det här inlägget skrevs för och publicerades först (12/5 2021) på INCF’s blogg

Lansering av nya Horisont Europa (10/2)

En hel dag, med några korta pauser, tog det att presentera grundpelare och huvudteman för det nya ramprogrammet för EU-forskning, Horisont Europa (#HorizonEurope). Presentationen arrangerades gemensamt av 6 stora svenska finansiärer; Energimyndigheten, FORMAS, Forte, Rymdstryrelsen, Vetenskapsrådet, och Vinnova. Många bra presentationer och panelsamtal! Jag har summerat det hela i tweets här, men det finns en del att lyfta upp som inte ryms i kortfattade meningar.

Öppen vetenskap nämndes EN gång (av John Tumpane, från FORMAS). Data-delning nämndes inte alls. Samverkan däremot nämndes upprepade gånger, framför allt med fokus på industrin. Standarder nämndes i förbifarten, framför allt som något viktigt för industrin att bevaka och delta i utvecklandet av.

Mycket av fokus låg på “partnerships”, arrangerade och finansierade strategiska multi-partssamarbeten som är menade att ge garanterad förutsägbar nytta. Hela 50% av budgeten går dit. Partnerships är inte nya för EU, men det utökade fokuset på nytta är en lite ändrad inriktning.

En nyhet för det här ramprogrammet är “missions“, övergripande målbilder som ska vara förankrade i samhällsbehov och ge samhällsnytta, och göra det lättare att nå målen för the European Green Deal och Europe’s Beating Cancer Plan såväl som hållbarhetsmålen.

Forskningsinfrastrukturer nämndes en hel del i början av samtalet (det är en av pelarna), och får en hyfsad andel av budgeten, men var inte särskilt närvarande när det kom till samverkans-diskussionen (där jag tycker de absolut passar in).

Regioner nämndes som möjliga innovationshubbar och koordinatorer, vilket var en trevlig ny vinkel – tidigare har jag mest hört regioner nämnas som trösklar och fragmentering, och ett problem för det svenska Life Science-ekosystemet.

Universitet nämndes i början – när vikten av rätt utbildning och mobilitet i utbildning diskuterades – men inte explicit i senare diskussioner om samverkan; där låg fokus mest på individuella forskare och på industrin. Universitet borde rimligen också vara nyckelmedlemmar i samverkansprojekt.

Två viktiga gap (”valleys of death”) i kunskapsöverföring och nyttogörande nämndes: den slingrande vägen som krävs för att ta forskning från labbet till industrin, och svårigheten att skala upp innovativa start-ups på ett hållbart sätt.

Regeringen håller på och arbetar ut en nationell strategi för Sveriges deltagande i Horisont Europa, det är dock ännu oklart exakt när den kommer vara klar. Det ska bli intressant att se vad den innehåller; EU-ansökningar anses allmänt vara tunga, arbetskrävande och komplicerade. Stödbidrag för att frigöra tid att sätta ihop en ansökan vore kanske användbart. Utökat stöd från universitetens administratörer och Grant Offices också. (När jag jobbade med mitt första EU-projekt hade vi en EU-kunnig administratör till hjälp, och vilken skillnad det gjorde).

Tydligen hade Norge sin motsvarande presentation redan i höstas.

Why social media research should not be done by the non-social-media-literate

Jag är förkyld och orkar inte blogga på riktigt, men jag blir fortfarande arg när någon forskningskommunicerar dåligt på internet. Ni får den engelska varianten för jag orkar inte heller översätta.

This was, as many of my blog posts, triggered by someone being wrong or misleading on the internet. The worst cases often come from newsreleases, this one too.

I’ll just leave you to quickly skim this little gem https://neurosciencenews-com.cdn.ampproject.org/c/s/neurosciencenews.com/depression-social-media-17324/amp/

TLDR: Social media linked to depression
(note the sneaky weasel word ’linked’ in the title, it does NOT mean ’causes’)

Sigh. ”It used to be a hen-and egg situation, but now we clearly see increased social media use linked with depression”. NOPE. This is clearly STILL a hen-and-egg situation. Despite the claims in this newsrelease it is still not proved by this study that social media results in depression.

For instance, in the long lead-up to my depression, I buried myself increasingly in my phone as a defence, because I was too cognitively depleted to engage with my family, and social media (and mobile games) was easier than real interaction. I think that is a pretty common reaction in stressed and tired people in general, I’ve seen it a lot in new parents. And stress and tireness are commonly a risk factor and possible trigger for depression.

My take-home from this is rather: be wary of changed social media usage patterns in people, it indicates that they don’t feel well and may get worse.

And being condescendent and/or aggressive about someone’s social media use, which is the most common approaches I have seen the social media antagonist crowd take – and won’t THIS news release trigger them into a frenzy – will not help things, rather the opposite.

And even more annoying, becasue the whole research field of ”let’s prove with SCIENCE that internet/social media/’screen time’ is BAD’ (I refuse to dignify that marsh with an academic name) does this. Let us stop with the cliche-based guessing hypothesising from non-social media literate people, that is just bad science!

Social media doesn’t make people feel bad because they follow a lot of unreachable, superficial narcissist accounts – because that is not what people in general DO on social media. A few masochists might, but in general people follow other people they like and know, or want to be updated on, or individuals or groups that have the same hobbies as them. Yarn social media, for instance, has lots of nice people and content on each platform I use or follow. Instagram #knitting is my favourite cheer-up-channel.

Kalendern lucka 9 och 10 – bubbelkonst och färger

Kalenderns nionde lucka innehöll tre små färgflaskor med blått, rött och gult, och en koncentrerad såpbubblelösning. Vi blandade färgade bubbellösningar och blåste färgglada såpbubblor på papper med sugrör. Det krävde lite övning men funkade till slut för alla.

bubbelkonst

Nästa dags lucka skulle ha samma färger, pipetter och en liten palett. Från grundfärgerna kunde man sedan pipettera fram orange, grön, lila och brun. Fast till slut blev det mesta svart.

Kalendern lucka 8 – rymdpepparkakor

Vi hann ta fram lucka 8 också, och den innehöll bästa sortens experiment — bakning! En liten kartong full med rymd-tema-figurer, inklusive två sorters raket i 3D.

rymdpepparkakor

Och vi hade en passande liten pepparkaksdegsnutt i kylskåpet, så vi började bums. Vi insåg när vi gräddade att man behöver nog egentligen en deg som inte blåser upp sig så mycket. Det får vi fixa till nästa gång.

Kalendern lucka 6 – växande sköldpadda

Sjätte experimentet var en ”törstig sköldpadda” som ska kunna suga i sig enorma mängder vatten. Vi har lagt den i en stor skål och bevakar den noga. Den var 8.5 cm lång och 12 cm runt magen när vi började.

Hur stor kan den bli? Det vet vi inte än.


Veklig storlek: 9 cm från armspets till armspets.
Liiite större blev den på ett knappt dygn.

Efter en dryg vecka var den ungefär dubbelt så stor åt alla håll.

Kalendern lucka 4 och 5 – blöt kemi

Lucka 4 var vatten, färgtabletter och olja, allt i en klassisk glasbägare. Det gick rätt långsamt för färgtabletterna att lösa upp sig, så barnen blev uttråkade och gick sin väg. Då la vi i en bit vanlig brustablett och fick äntligen se det färgade vattnet bubbla upp genom oljan och lägga sig överst.

Lucka 5 var en bikarbonat-och-ättikadriven raket. Vi lyckades dock inte få den att flyga iväg som tänkt – ättikavattnet löste inte upp bakpulvret snabbt nog att puffa iväg raketen. Vi var försiktiga och ”fyrade av” i badkaret. Vid köksbordet hade nog varit bättre.

Kalendern lucka 2 – kemisk konst

Idag fick vi spinna vidare på rödkålsvatten med kemiska konstverk. Vi tog varsitt papper och dränkte det i rödkålsvatten, sedan strödde vi över pulver från tre små burkar; citronsyra, natriumkarbonat, bakpulver. Vackert och färgglatt! Sedan kom vi på att man kunde droppa pölar på pappret, och blåsa ut dem till figurer.

citronsyra (rött), natriumkarbonat (grönt) och bakpulver (blått)

Julkalender med experiment

Mina barn älskar experiment. Förra årets bästa juklapp var vita rockar och experiment-utrustning, så jag kunde inte motstå att skaffa Forskarfabrikens julkalender i år. Igår gjorde vi första experimentet, rödkålsindikator. Nästan allt var liknande det experiment vi gjorde själv hemma (se nedan), men det fanns ju PIPETTER. Raskt hade vi pipetterat oss igenom en god del av köket.

Rödkål och hushållsgrejer. Roligast var citronsaft, mjölk och yoghurt. (röd, lila, rosalila). Tvättmedlet blev så mörkgrönt att det nästan var svart.